Les mauvaises conditions climatiques ont forcé les commissaires de Fuji d'interrompre cette troisième et dernière séance d'essais libres à 11h53 heure locale. Les cinquante-trois premières minutes de la session avaient déjà eu lieu, majoritairement, sous le régime du drapeau rouge.| Pos | Pilotes | Ecuries | Chronos | Tours |
| 1 | A. Wurz | Williams | 1:32.746 | 3 |
| 2 | N. Rosberg | Williams | 1:34.758 | 3 |
| 3 | J. Trulli | Toyota | 1:36.150 | 3 |